Школа основана в 1892 года как церковно-приходская при Покровском соборе. Здание построено в 1902 году на средства прихожан и жителей Зайчанской слободы.Основателем школы является Василий Константинович Штильке. После Великой Октябрьской социалистической революции школа стала светской. Школа давала семилетнее образование.
В тридцатые годы школа носила имя Чернышевского Н.Г. В то время она стала базовой школой для Барнаульского учительского института. В ее стенах проходили практику будущие учителя со всего края.
В 1953 году школа стала смешанной, в ней стали совместно обучаться девочки и мальчики. В 1963 году школа стала восьмилетней. С 1997 года школа стала давать девятилетнее образование. И лишь с июля 2011 года перешла на полное среднее образование.