Управление муниципальным бюджетным общеобразовательным учреждением "СОШ № 13" осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Единоличным исполнительным органом является директор. К компетенции директора относятся вопросы осуществления руководства деятельностью МБОУ "СОШ № 13" за исключением вопросов, отнесенных федеральными законами, законодательством Алтайского края к компетенции Учредителя и иных органов.
В МБОУ "СОШ № 13" существуют коллегиальные органы управления, к которым относятся:
Высшим коллегиальным органом управления МБОУ "СОШ № 13" является Общее собрание работников.
Управляющий Совет является коллегиальным органом управления, обеспечивающим демократический, государственно-общественный характер управления МБОУ "СОШ № 13".
Педагогический совет является постоянно действующим органом в МБОУ "СОШ № 13" для рассмотрения основополагающих вопросов образовательного процесса.
Общешкольное родительское собрание является коллегиальным органом управления, ставит своей целью – учет мнения родителей (законных представителей) несовершеннолетних и совершеннолетних учащихся по вопросам управления Учреждением и при принятии Учреждением локальных нормативных актов, затрагивающих их права и законные интересы, объединение усилий для создания условий повышения качества и уровня образования учащихся в МБОУ "СОШ № 13".
В МБОУ "СОШ № 13" действует орган ученического самоуправления – Совет учащихся, который способствует реализации и защите прав учащихся, представляет их интересы.
В МБОУ "СОШ № 13" структурных подразделений нет.